Dans ce cas, des études scientifiques sont réalisées par ECO-MED, selon les terrains en question. Par exemple, ECO-MED intervient dans le cadre de Plans de Gestion, réhabilitation et aménagement écologique de sites dégradés, études ciblées sur des espèces ou des habitats, concernant des périmètres fonciers (CERL, ENS), parcelles compensatoires (cf Prestations VNEI et CNPN) ou Réserves et Parcs naturels nationaux.
ECO-MED constitue également des Documents d'objectifs (DOCOB) pour des sites en zone Natura 2000.
Ces études permettent de travailler de façon approfondie avec des gestionnaires ou des porteurs de projet sur la gestion du milieu naturel.
Le Plan de gestion permet, à partir d’un bilan et d'une analyse de l’état des connaissances et/ou des inventaires, de définir les enjeux pour lesquels cet espace a une responsabilité, les objectifs de gestion, d’organiser et de planifier la gestion du site dans l’espace et dans le temps. Le plan de gestion peut également relever d’une initiative locale sans obligation réglementaire.
Dans le cadre de l’élaboration d'un plan de gestion, la mission d’ECO-MED s’articule généralement autour des points suivants :
- Diagnostic et détermination des enjeux,
- réalisation de l’état initial de l’environnement,
- détermination des enjeux prioritaires et des facteurs d’influences,
- Élaboration du Plan de Gestion Environnemental
- détermination des objectifs à long terme et des méthodes d’évaluation,
- détermination des objectifs opérationnels, leur phasage, leur hiérarchisation et élaboration de leur suivi et évaluation.
Les sites Natura 2000 doivent se doter d’un Document d’Objectif (DOCOB) qui établi un diagnostic écologique et socio-économique, qui cible les enjeux et les objectifs de conservation à développer afin de préserver l’intégrité du site Natura 2000. Ce travail s’articule autour d’un important travail de concertation avec les acteurs concernés pour l’élaboration du document d’objectifs de ce site Natura 2000.
Dans le cadre des DOCOB, les missions conduites par els experts d’ECO-MED peuvent comprendre :
- - la rédaction du tome 1 : « diagnostic, enjeux et objectifs de conservation » :
- synthèse des inventaires écologique et socio-économique
- analyse écologique et économique du site
- définition et hiérarchisation des enjeux et objectifs de conservation
- définition et hiérarchisation des objectifs de conservation
- rédaction d’une note de synthèse
- mise à jour du registre des actions de concertation et de communication.
- la rédaction du tome 2 : « plan d’actions » :
- rédaction de la stratégie de gestion du DOCOB
- cahier des charges des actions hors Natura 2000 et des contrats Natura 2000
- maîtrises d’ouvrage et budget indicatif
- mise à jour du registre des actions de concertation et de communication
- rédaction des fiches actions
- suivi/évaluation des mesures
- rédaction d’un projet de charte
- rédaction d’une note de synthèse.
En étroite collaboration avec la structure en charge du site Natura 2000, ECO-MED assure l’animation de la concertation (groupes de travail, comités techniques et scientifiques, comité de pilotage).